se habían

had been

→ se
phrase Rare #24,578
had been Used with a past participle to form the past perfect, often in passive or reflexive constructions.
SP: Cuando llegamos, las luces ya se habían apagado.
EN: When we arrived, the lights had already gone out.

Sí, ¿Y que ellos no se habían hablado por tres años?

Yes, and that they hadn’t spoken to each other for three years?

— Hero (2002)

Muchos se habían muerto.

Many had died.

Tom no parecía sorprendido cuando oyó que Mary y John se habían casado.

Tom didn’t seem surprised when he heard that Mary and John had gotten married.

Cuando llegué ya se habían marchado.

When I arrived they had already left.

— Cuentos de Tokio (1953)

Su familiaridad era extraña, ya que se habían encontrado hacía solo tres días.

Their familiarity was strange, since they had only met three days earlier.

Cuando él regresó a casa, los chicos ya se habían dormido.

When he returned home, the boys had already fallen asleep.

Fue al hotel con su marido porque se habían citado con Laura.

She went to the hotel with her husband because they had arranged to meet Laura.

— Contratiempo (2017)

Yo he leído que, después de Sabor, discutieron, que no se habían vuelto a ver.

I read that, after Sabor, they argued that they hadn’t seen each other again.

— Dolor y gloria (2019)

Las sábanas nunca se habían usado.

The sheets had never been used.

— Titanic (1997)

Tom recogió las monedas que se habían caído detrás del sofá.

Tom picked up the coins that had fallen behind the sofa.

Tom pareció bastante sorprendido cuando oyó que Mary y John se habían casado.

Tom seemed quite surprised when he heard that Mary and John had gotten married.

Ella estalló cuando se dio cuenta que se habían llevado a Fumaca.

She exploded when she realized that Fumaca had been taken away.

— Pixote, la ley del más débil (1980)

Y se habían perdido de vista.

And they had lost sight of each other.

— Quemado por el sol (1994)