じゃないんだよ

it's not...

→ だ
phrase Common #6,683
it's not... A casual, emphatic way to explain or correct something. The ending よ adds emphasis, and んだ gives an explanatory tone; the omitted subject or object is understood from context.
JA: 怒ってるんじゃないんだよ。
EN: It's not that I'm angry.

あれは本当はじゃないんだよ

That isn't actually an island.

— ソング・オブ・ザ・シー 海のうた (2014)

さよならって得意じゃないんだよ

I'm not very good at saying goodbye.

人生楽しいことばかりじゃないんだよ

Life isn't all fun and games.

トムはもうこんなことするじゃないんだよ

Tom is too old to be doing this kind of thing.

アニーまだ十分じゃないんだよ

Annie, it’s still not enough.

— フィールド・オブ・ドリームス (1989)

日曜日いつもってわけじゃないんだよ

It’s not like I’m always free on Sundays.

僕はまだ運転免許取れる年齢じゃないんだよ

I'm not old enough to get a driver's license yet.

ただのペンじゃないんだよ

It's not just a pen, you know.

うちの家駅の近くじゃないんだよ

My house isn't near the station.

本気じゃないんだよ

You’re not serious, are you?

トムみんなが思っているほど大してお金持ちじゃないんだよ

Tom isn't nearly as rich as everyone thinks he is.

大したことじゃないんだよ

It’s no big deal.