のだと思っていました

I thought that

→ の
phrase Uncommon #11,960
I thought that のだ adds an explanatory tone to the thought. The subject of “I thought” is usually understood from context.
JA: あなたは忙しいのだと思っていました。
EN: I thought you were busy.

トムはまだ刑務所にいるのだと思っていました。

I thought Tom was still in prison.

あなたは野球の話題を楽しんでいるのだと思っていました。

I thought you were enjoying talking about baseball.

あなたはトムの友達なのだと思っていました。

I thought you were Tom's friend.

トムは自分の部屋にいるのだと思っていました。

I thought Tom was in his room.

あなたはボストンに行ってしまったのだと思っていました。

I thought you had gone to Boston.

トムはメアリーのことをあきらめたのだと思っていました。

I thought Tom had given up on Mary.

あなたはトムと付き合うのだと思っていました。

I thought you were going to date Tom.

あなたは幽霊を信じていないのだと思っていました。

I thought you didn’t believe in ghosts.