んじゃないかと思った

I thought ... might

→ の
phrase Uncommon #14,832
I thought ... might A tentative way to say you thought something might be true. んじゃ is a conversational contraction of のでは.
JA: 彼はもう帰ったんじゃないかと思った。
EN: I thought he might have already gone home.

そんなものはないんじゃないかと思った。

I thought maybe there was no such thing.

暗闇で迷子になるんじゃないかと思った。

I was afraid I might get lost in the darkness.

これを読んで杏奈ちゃんはサイロにいるんじゃないかと思ったの

Reading this, I thought Anna might be in the silo.

— When Marnie Was There (2014)

トムが駅前で私たちを待ってるんじゃないかと思った。

I thought Tom might be waiting for us in front of the station.