を流れている

is flowing through

→ を
phrase Rare #28,174
is flowing through を marks the place the river flows through.
JA: 川が町を流れている。
EN: A river is flowing through the town.

その川は両国の間を流れている。

The river flows between the two countries.

川が町の中を流れている。

A river runs through the town.

その川は街を流れている。

The river flows through the city.

この川は私の村を流れている。

This river flows through my village.

セーヌ川はパリを流れている。

The Seine flows through Paris.

その川は島の北部を流れている。

The river flows through the northern part of the island.

ロンドン市内を流れている川はテムズ川である。

The river that flows through London is the River Thames.