がここにいない

… isn't here

→ が
phrase Common #3,681
… isn't here が marks the subject; いない is the negative form of いる, used for people and animals.
JA: 先生がここにいない。
EN: The teacher isn't here.

彼女がここにいないのが残念だ。

It's a shame she's not here.

私の友人がここにいないのは残念だ。

It's a shame that my friend isn't here.

トムがここにいないとか、ほんとビックリ。

I’m really surprised Tom isn’t here.

トムはメアリーがここにいない理由を知りたがっている。

Tom wants to know why Mary isn't here.

彼がここにいないのは変だと思いませんか。

Don't you think it's strange that he's not here?