を誤解していた

had misunderstood

→ を
phrase Rare #29,250
had misunderstood Used after the person or thing that was misunderstood. 誤解していた describes a past state or action of misunderstanding.
JA: 彼の言葉を誤解していた。
EN: I had misunderstood his words.

私は彼の意図を誤解していたということがだんだんわかってきた

I gradually came to realize that I had misunderstood his intentions.

あなたを誤解していた

I misunderstood you.

— スター・トレックII カーンの逆襲 (1982)

パズー君君を誤解していた

Pazu, I misunderstood you.

— 天空の城ラピュタ (1986)

私たちは報酬のことを誤解していた

We misunderstood the reward.