で悩んでいる

be troubled by

→ で
phrase Rare #39,427
be troubled by Use after a problem or cause of distress. 悩んでいる means being worried or troubled; で marks what is causing the trouble.
JA: 彼は仕事のことで悩んでいる。
EN: He is troubled by work.

君はまだ僕の言ったことで悩んでいるのか。

Are you still troubled by what I said?

彼女は常に頭痛で悩んでいる。

She is constantly troubled by headaches.

ひどい頭痛で悩んでいると彼は言った。

He said he was suffering from a terrible headache.