は分かりませんが

I don't know ..., but

→ は
phrase Uncommon #16,760
I don't know ..., but A polite way to say that you do not know or understand something before adding contrasting information. The part before は specifies what you do not know.
JA: 理由は分かりませんが、今日は早く帰ります。
EN: I don't know why, but I'm going home early today.

何かが起こるんです何かは分かりませんが起こります

Something is going to happen. I don't know what, but it will.

— フィールド・オブ・ドリームス (1989)

それ以上のことは分かりませんが

I don't know anything beyond that, but...

— ミスティック・リバー (2003)

何故は分かりませんが本当です

I don't know why, but it's true.

— パンズ・ラビリンス (2006)